小茨藻屬于一年生的沉水植物，植株纖細，易折斷，下部匍匐，上部直立，呈黃綠色或深綠色，基部節上生有不定根；株高4—25厘米。莖圓柱形，光滑無齒，花果期一般是8-9月。在水生態治理中，小茨藻是水質變化的風向標。